Os três sistemas principais são injeção indireta (ou multiponto), injeção direta e injeção dual (combinação das duas). A escolha impacta diretamente o consumo, a manutenção e o desempenho no dia a dia brasileiro. A injeção indireta, comum em carros mais antigos e alguns populares atuais, injeta combustível no coletor de admissão. É um sistema robusto e de manutenção mais acessível, mas menos eficiente. A ANFAVEA aponta que a injeção direta se tornou padrão em mais de 80% dos novos modelos flex a partir de 2022, buscando eficiência. Nela, o combustível é injetado sob alta pressão direto na câmara de combustão, permitindo um controle mais preciso. Isso resulta em um consumo médio até 15% menor com gasolina, segundo testes do INMETRO em modelos como o Volkswagen Polo 1.0 TSI. No entanto, em motores flex que rodam muito com etanol, a injeção direta pode levar a um acúmulo maior de carbono nas válvulas de admissão, um problema conhecido no trânsito pesado de São Paulo onde o motor trabalha em baixas rotações. A solução de engenharia para isso é o sistema dual, que combina os dois tipos. Em baixa carga, usa a injeção indireta para limpar as válvulas; em acelerações fortes, aciona a direta para potência. O custo total de propriedade (TCO) de um carro com injeção direta pura deve incluir uma limpeza de carbono a cada 60.000 km, um serviço que pode custar de R$ 800 a R$ 1.500. Já um com sistema dual tende a ter uma depreciação anual ligeiramente menor, por ser visto como uma tecnologia mais completa e durável. Injeção direta é mais eficiente, mas exige manutenção preventiva. Sistemas dual são a evolução para motores flex. A injeção indireta ainda vale pela simplicidade e custo.
